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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
Clone distributor:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
20 CTD-2043P3 R 20pter(UCSF)
            
20 RP1-82O2 20pter(UChicago)
 chr20 0Mb   D20S1157    
20 CTA-394A2 R 20p13(CSMC)
 chr20 5Mb   AFMB352XD9    
20 CTB-19N15 R 20p13(CSMC)
 chr20 3Mb   D20S193    
20 CTB-41B20 R 20p13(CSMC)
 chr20 7Mb   AFMC017ZE1    
20 CTB-49H2 R 20p13(CSMC)
 chr20 1Mb   IB255    
20 CTB-50F4 R 20p13(CSMC)
 chr20 5Mb   AFMA130YA9    
20 RP11-107L14 C 20p13(FHCRC)
 chr20 2Mb   AFM333XE5 AQ316350.1 SP6,
AQ316353.1 T7		  
20 RP11-147L21 CR 20p13(FHCRC)
20p13f(NCI)
 chr20 0Mb AC040953.2 T98414, AFM077XD3, AFM077XD3*u CL423326.1 T7,
CL423321.1 SP6,
AQ373834.1*u SP6		  
20 RP11-153M12 C 20p13(FHCRC)
 chr20 0Mb   AFMA131WF1 AQ387838.1 T7,
AQ387835.1 SP6		  
20 RP11-238D15 20p13(FHCRC)
         AZ521078.1*u T7  
20 RP11-24E15 C 20p13(FHCRC)
 chr20 0Mb   AFM077XD3, AFM077XD3*u B89327.1 SP6,
B86599.1 SP6		  
20 RP11-26F18 C 20p13(FHCRC)
 chr20 3Mb AC016217.2 AFM240ZF4, AFM240ZF4*u B86854.1 T7,
B86853.1 SP6		  
20 RP11-466J8 C 20p13(FHCRC)
 chr20 2Mb AL138803.3   AQ637559.1 T7,
AQ637557.1*u SP6		  
20 RP11-530N10 C 20p13(FHCRC)
 chr20 0Mb AC011857.3,
AL360078.16		      
20 RP11-77C3 C 20p13(FHCRC)
 chr20 1Mb AL138804.16   AQ268055.1 T7,
AQ268051.1 SP6		  
20 RP11-78P4 C 20p13(FHCRC)
 chr20 1Mb   AFM240WB8, AFM240WB8*u AQ281462.1 SP6  
20 RP11-91I9 C 20p13(FHCRC)
 chr20 2Mb     AQ281444.1 SP6,
AQ281451.1 T7		  
20 RP4-654A7 S 20p13(SC)
 chr20 8Mb AL049593.10      
20 RP5-988G17 S 20p13(SC)
 chr20 7Mb AL078643.5      
20 RP11-235C20 CR 20p12.3c(NCI)
20p13(FHCRC)
 chr20 5Mb   AFMB352XD9 CL423224.1 T7,
CL423219.1 SP6		  
20 RP11-26H9 C 20p12.3~13(FHCRC)
 chr20 6Mb   AFMA196WF5 B84573.1 T7  
20 RP11-32O9 C 20p12.3~13(FHCRC)
 chr20 8Mb   AFM238ZC11, AFM238ZC11*u    
20 RP5-1187M17 S 20p12.3~13(SC)
 chr20 3Mb AL121891.22      
20 RP5-846P21 S 20p12.3~13(SC)
 chr20 44Mb   stSG25427    
20 RP5-860F19 S 20p12.3~13(SC)
 chr20 2Mb AL035460.15      
20 RP5-863C7 S 20p12.3~13(SC)
 chr20 0Mb AL049761.11      
20 RP5-994L9 S 20p12.3~13(SC)
 chr20 6Mb AL034554.8      
20 RP4-545L17 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 1Mb AL031665.19      
20 RP4-684O24 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 1Mb AL034562.3      
20 RP4-776F14 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 1Mb AL109658.5      
20 RP4-816K17 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 2Mb AL031678.2      
20 RP5-1103G7 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 0Mb AL034548.25      
20 RP5-826I18 S 20p12.2~13(SC)
 chr20 4Mb AL109841.16      
20 CTD-2060J19 C 20p12(UCSF)
20p13(FHCRC)
 chr20 0Mb     AQ243342.1 SP6,
AQ245742.1 T7		  
20 CTD-2163H11 C 20p12(UCSF)
20p13(FHCRC)
 chr20 1Mb     AQ085975.1 SP6,
AQ125138.1 T7,
AQ899360.1 T7,
B95867.1 		 
20 CTD-2285J6 C 20p12(UCSF)
20p13(FHCRC)
 chr20 4Mb     AQ009591.1 SP6,
AQ009587.1 		 
20 RP11-149O7 C 20p12~13(FHCRC)
 chr20 5Mb   AFMB290WH5 AQ377577.1 T7,
AQ377575.1*u SP6		  
20 RP11-518C18 C 20p12~13(FHCRC)
 chr20 5Mb AC027092.2      
20 RP4-599I11 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 4Mb AL133354.14      
20 RP4-681N20 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 3Mb AL031670.6      
20 RP4-764O22 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 7Mb AL096799.6      
20 RP4-775C13 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 6Mb AL109618.1      
20 RP5-1037B9 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 5Mb AL117377.18      
20 RP5-1054C24 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 5Mb AL035249.6      
20 RP5-1060K6 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 11Mb AL049690.20      
20 RP5-1068H6 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 4Mb AL133396.2      
20 RP5-859D4 S 20p12.1~13(SC)
 chr20 6Mb AL035668.15      
20 CTD-2111G2 C 20p(UCSF)
20p13(FHCRC)
            
20 RP11-314N13 R 20p13e(NCI)
 chr20 1Mb AL136531.16   AQ503754.1 T7,
AQ503753.1 SP6		  
20 RP11-737G10 R 20p13b(NCI)
 chr20 3Mb AC023420.4   AQ455994.1 T7,
AQ450629.1 SP6		  
20 RP11-48M7 CR 20p12(FHCRC)
20p13a(NCI)
 chr20 3Mb   AFM234TF10 AQ198009.1 ,
CL423352.1 T7,
CL423351.1 SP6,
AQ198007.1 		 
20 CTD-2102L4 C 20p12.3(FHCRC)
            
20 RP11-40J24 C 20p12.3(FHCRC)
 chr20 10Mb   AFM288ZF5, AFM288ZF5*u    
20 RP11-9G21 C 20p12.3(FHCRC)
 chr20 6Mb   AFM317TE5, 30344*u    
20 RP11-24K4 CR 20p12.2b(NCI)
20p12.3(FHCRC)
 chr20 9Mb   AFMA086WE9 AQ014010.1 ,
B84457.1 SP6,
B88778.1 T7		  
20 CTB-49E19 R 20p12(CSMC)
 chr20 8Mb   AFMA218YB5    
20 CTD-2003O22 R 20p12(UCSF)
 chr20 0Mb     AQ224309.1 SP6  
20 CTD-2009P15 R 20p12(UCSF)
 chr20 2Mb     B81121.1 ,
AQ225011.1 T7,
B57548.1 SP6		  
20 CTD-2013D15 C 20p12(FHCRC)
 chr20 10Mb     AQ221679.1 SP6,
AQ223387.1*u T7		  
20 CTD-2042G11 R 20p12(UCSF)
 chr4 120Mb     B80055.1 ,
B80056.1 SP6		  
20 CTD-2042G9 R 20p12(UCSF)
 chr2 152Mb     B79494.1 SP6,
B79493.1 		 
20 CTD-2072L21 R 20p12(UCSF)
 chr20 18Mb     AQ901429.1 T7  
20 CTD-2149H19 R 20p12(UCSF)
            
20 CTD-2201B8 R 20p12(UCSF)
            
20 RP1-134N8 S 20p12(SC)
 chr20 8Mb AL031655.8      
20 RP1-209B9 S 20p12(SC)
 chr20 7Mb AL021879.3      
20 RP1-42H13 S 20p12(SC)
 chr20 8Mb   stdJ859I17SP6    
20 RP1-48A11 S 20p12(SC)
            
20 RP11-103H2 C 20p12(FHCRC)
 chr20 9Mb   AFM234ZB12, AFM234ZB12*u AQ314678.1 SP6,
AQ314680.1 T7		  
20 RP11-1056I10 C 20p12(FHCRC)
 chr20 10Mb     AQ662726.1 T7,
AQ662878.1 SP6		  
20 RP11-11O15 C 20p12(FHCRC)
 chr20 15Mb   AFM291WE5 B73205.1 T7,
B73204.1 SP6		  
20 RP11-149I18 C 20p12(FHCRC)
 chr20 13Mb AL133463.16      
20 RP11-238I2 C 20p12(FHCRC)
 chr20 13Mb   AFM211YB8 AZ520880.1 T7  
20 RP11-287E11 C 20p12(FHCRC)
 chr20 11Mb   AFM120XC7, AFM120XC7*u    
20 RP11-57G7 C 20p12(FHCRC)
 chr20 30Mb   AFMA141XD9    
20 RP11-60N17 C 20p12(FHCRC)
 chr20 11Mb   AFM292XB5 AQ202451.1 ,
AQ202454.1 		 
20 RP11-686P6 C 20p12(FHCRC)
 chr20 4Mb AC016073.2      
20 RP11-79E16 C 20p12(FHCRC)
 chr20 8Mb     AQ629590.1 T7,
AQ282617.1 T7,
AZ519159.1 SP6,
AQ282614.1 SP6		  
20 RP11-79F17 C 20p12(FHCRC)
 chr20 19Mb     AQ284174.1 SP6,
AQ284176.1 T7		  
20 RP11-89F13 C 20p12(FHCRC)
 chr20 14Mb     AQ284679.1 T7,
AQ284678.1 SP6		  
20 RP11-90E23 CR 20p12(FHCRC)
20p12.2a(NCI)
 chr20 11Mb   AFM292XB5 AQ281557.1 SP6,
AQ281560.1 T7		  
20 RP11-91I2 C 20p12(FHCRC)
 chr20 9Mb     AQ282447.1 SP6,
AQ282450.1 T7		  
20 RP11-91O7 C 20p12(FHCRC)
 chr20 10Mb   AFM292XB5, AFM291WE5*u AQ282510.1 SP6,
AQ282514.1 T7		  
20 RP4-585I14 S 20p12.1~12.3(SC)
 chr20 13Mb AL121782.9      
20 RP4-606P22 S 20p12(SC)
 chr20 8Mb AL034551.17      
20 RP4-702M17 S 20p12(SC)
 chr20 9Mb AL034427.4      
20 RP4-718P11 S 20p12.1~12.3(SC)
 chr20 12Mb AL109983.2      
20 RP4-744A17 S 20p12.1~12.3(SC)
 chr20 12Mb AL096862.18      
20 RP4-811H13 S 20p12(SC)
 chr20 9Mb AL023805.2      
20 RP5-1068F16 S 20p12(SC)
 chr20 10Mb AL023913.6      
20 RP5-1119D9 S 20p12(SC)
 chr20 9Mb AL031652.4      
20 RP5-1121J18 S 20p12(SC)
 chr20 7Mb AL031653.5      
20 RP5-836E8 S 20p12(SC)
 chr20 7Mb AL031679.1      
20 RP5-873P14 S 20p12(SC)
 chr20 9Mb AL031682.4      
20 RP5-881E24 S 20p12(SC)
 chr20 8Mb AL031683.2      
20 RP5-931K24 S 20p12(SC)
 chr20 10Mb AL034430.4      
20 RP5-971N18 S 20p12(SC)
 chr20 7Mb AL021396.8      
20 RP5-997K18 S 20p12(SC)
 chr20 8Mb AL021406.1      
20 RP4-742J24 S 20p11.23~12.3(SC)
 chr20 11Mb AL035448.29      
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
20 RP4-813H11 S 20p11.23~12.3(SC)
 chr20 11Mb AL079337.13      
20 RP5-1098F8 S 20p11.23~12.3(SC)
 chr20 11Mb AL034547.14      
20 RP5-968O21 S 20p11.22~12.3(SC)
 chr20 19Mb AL589784.1 stSG22092*d   multiple_placements_on_genome
20 RP5-968O21 S 20p11.22~12.3(SC)
 chr20 18Mb AL589784.1*d RH46181   multiple_placements_on_genome
20 RP11-110C10 C 20p11.2~12(FHCRC)
 chr20 18Mb AL389897.4 AFMA337ZH9 AQ323522.1 T7,
AQ350111.1 SP6		  
20 RP11-11M17 CR 20p11.2~12(FHCRC)
20p12.1a(NCI)
 chr20 17Mb AC013628.2 AFM242YF8, AFM242YF8*u B73188.1 SP6,
B73189.1 T7		  
20 RP11-134G22 C 20p11.2~12(FHCRC)
 chr20 15Mb   AFMC013XE5 AQ344412.1 SP6  
20 RP3-322G13 S 20p11.21~12.3(SC)
 chr20 23Mb AL096677.21      
20 RP5-1068E13 S 20p11.21~12.3(SC)
 chr20 18Mb AL035563.19      
20 RP5-1097P24 S 20p11.21~12.3(SC)
 chr20 22Mb AL035258.10      
20 RP5-997O15 S 20p11.21~12(SC)
 chr20 15Mb AL035073.7      
20 RP11-19D2 R 20p12.3a(NCI)
 chr20 7Mb AL080248.7   B92163.1 SP6,
B81947.1 T7		  
20 RP4-629F1 S 20p11.23~12.2(SC)
 chr20 13Mb AL121754.18      
20 RP4-631M13 S 20p11.23~12.2(SC)
 chr20 13Mb AL117333.26      
20 RP5-842G6 S 20p11.23~12.2(SC)
 chr20 13Mb AL109657.8      
20 RP4-692C8 S 20p11.22~12.2(SC)
 chr20 12Mb AL034561.5      
20 RP4-705D16 S 20p11.22~12.2(SC)
 chr20 16Mb AL034428.4      
20 RP4-738I16 S 20p11.22~12.2(SC)
 chr20 15Mb AL049867.2      
20 RP4-790B6 S 20p11.22~12.2(SC)
 chr20 14Mb AL031677.5      
20 RP11-16N16 C 20p12.1(FHCRC)
 chr20 16Mb   AFM260XG5, AFM260XG5*u B85418.1 SP6,
B82562.1 T7		  
20 RP11-451O20 C 20p12.1(FHCRC)
 chr20 13Mb     AQ584163.1 T7  
20 RP11-51O4 CR 20p12.1(FHCRC)
20p12.1b(NCI)
 chr20 15Mb   AFM044XB4, AFM291WE5, AFM044XB4*u, AFM044XB4*u CL423282.1 SP6,
AQ053674.1 ,
CL423286.1 T7,
AQ053676.1 		 
20 RP11-65G18 C 20p12.1(FHCRC)
 chr20 15Mb   AFMA224XF1 AQ200787.1  
20 RP11-88P14 C 20p12.1(FHCRC)
 chr20 12Mb     AZ516923.1 T7,
AQ281628.1 SP6		  
20 RP5-917N8 S 20p11.22~12.1(SC)
 chr20 16Mb AL031684.14      
20 RP4-542H21 S 20p11.21~12.1(SC)
 chr20 19Mb AL034425.9      
20 RP4-751L1 S 20p11.2~12.1(SC)
 chr20 17Mb AL031675.4      
20 RP5-905G11 S 20p11.2~12.1(SC)
 chr20 17Mb AL035045.5      
20 RP11-157E14 R 20p12.1d(NCI)
 chr20 12Mb AL133331.27   AQ372757.1 SP6,
AQ372761.1 T7		  
20 RP11-54N6 R 20p12.1c(NCI)
 chr20 14Mb AL355133.8   AQ082802.1 ,
CL423252.1 SP6,
CL423255.1 T7,
AQ082803.1 		 
20 RP5-872K7 S 20p11.2~11.23(SC)
 chr20 20Mb AL121759.25      
20 RP4-738P15 S 20p11.2~11.22(SC)
 chr20 25Mb AL035252.5      
20 CTB-13L16 R 20p11.2(CSMC)
 chr20 22Mb   D20S180    
20 CTB-66L15 R 20p11.2(CSMC)
 chr20 15Mb   AFM044XB4    
20 RP11-218C14 S 20p11.21~11.23(SC)
 chr20 23Mb AL121894.26      
20 RP11-451O14 C 20p11.2(FHCRC)
 chr20 23Mb     AQ584147.1 T7,
AQ584144.1 SP6		  
20 RP11-500O11 RS 20p11.21~11.23(SC)
20p11.21c(NCI)
 chr20 22Mb AL133464.12      
20 RP11-58B10 CR 20p11.2(FHCRC)
20p11.21b(NCI)
 chr20 24Mb   AFMA191XC1 AQ201224.1 ,
CL423349.1 T7,
CL423346.1 SP6,
AQ201222.1 		 
20 RP11-77C2 C 20p11.2(FHCRC)
 chr20 23Mb   AFM248XB9, AFM248XB9*u AQ286108.1*u T7  
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 chr20 16Mb     AQ317837.1 SP6,
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20 RP5-823G15 S 20q13.2~13.3(SC)
 chr20 51Mb AL354993.24      
20 RP5-827E24 S 20q13.2~13.33(SC)
 chr20 59Mb AL160412.14      
20 RP5-843L14 S 20q13.2~13.33(SC)
 chr20 54Mb AL137162.25      
20 RP5-885L7 S 20q13.2~13.33(SC)
 chr20 60Mb AL035669.43      
20 RP5-907D15 S 20q13.2~13.33(SC)
 chr20 56Mb AL050327.6      
20 RP5-908M14 S 20q13.2~13.33(SC)
 chr20 60Mb AL121832.56      
20 RP11-1F20 R 20q13.2c(NCI)
 chr20 52Mb AC015742.3   B63548.1 T7,
AQ280999.1 SP6		  
20 RP11-46O3 R 20q13.31a(NCI)
 chr20 54Mb AL161657.22   AQ199652.1 ,
CL423218.1 SP6,
CL423223.1 T7,
AQ199655.1 		 
20 RP11-266K16 C 20q13.3(FHCRC)
 chr20 62Mb     AQ490833.1 T7,
AQ490829.1 SP6		  
20 RP11-80P6 C 20q13.3(FHCRC)
 chr20 56Mb     AQ317846.1 SP6  
20 RP11-94A18 C 20q13.3(FHCRC)
 chr20 58Mb   AFM218XE7, AFM218XE7*u AQ314311.1 SP6,
AQ314314.1 T7		  
20 RP13-152O15 S 20q13.31~13.33(SC)
 chr20 62Mb AL355803.16      
20 RP4-718J7 S 20q13.31~13.33(SC)
 chr20 55Mb AL035541.15      
20 RP5-1018E9 S 20q13.31~13.33(SC)
 chr20 56Mb AL035455.30      
20 RP11-164D18 R 20q13.32b(NCI)
 chr20 57Mb AL389889.11   AQ380608.1 SP6,
AQ380612.1 T7		  
20 RP11-723K16 R 20q13.33a(NCI)
 chr20 59Mb AL365229.13   CL423251.1 SP6,
CL423254.1 T7,
AQ437220.1 T7		  
20 RP11-305P22 R 20q13.33d(NCI)
 chr20 61Mb AL121673.41      
20 CTC-337C17 20qter(UCSF)
            
20 RP1-81F12 20qter(UChicago)
            
total441C:117 R:86 S:242441400 261108148 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag

  *d indicates sequences that disagree with placement on the genome.

  *u indicates seqeunces that didn't align to the genome or were not used for annotation because the clone was placed to multiple locations on the human genome.