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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 CTA-115F6 RS 22q11.1~11.21(SC)
22q11.1d(NCI)
 chr22 16Mb   D22S137 B18171.1 T7,
B18170.1 SP6		  
22 CTA-154H4 RS 22q11.1~11.21(SC)
 chr7 114Mb   stD22S181*u, RH27840*u CG734373.1 SP6,
CG734372.1 T7,
BZ749002.1*u T7		  
22 RP11-186O8 S 22q11.1~11.22(SC)
 chr22 18Mb   D22S452*u AQ421753.1 SP6  
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5 AQ342054.1*d SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM288WE5 AQ342054.1 SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-66F9 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 15Mb     AQ241299.1 T7,
AQ241297.1 SP6		  
22 CTA-292E10 S 22q11~12(SC)
 chr22 27Mb Z93930.10   B14283.1 SP6  
22 CTA-322B1 RS 22q11.23a(NCI)
22q11~12(SC)
 chr22 22Mb Z84718.2 WI-7416, stbK322B1T7 B13824.1 SP6,
B13825.1 T7		  
22 CTA-872B4 S 22q11.21(SC)
 chr22 16Mb   D22S137 B14102.1 T7,
B14101.1 SP6		  
22 CTA-433F6 S 22q11.21~11.23(SC)
 chr22 19Mb     B13946.1 T7,
BZ749019.1 T7,
BZ749018.1 SP6,
B13945.1 SP6		  
22 CTA-865E9 S 22q11.2(SC)
 chr22 27Mb     B14095.1 SP6,
B14096.1 T7		  
22 RP11-1057H19 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 17Mb     AQ680734.1 T7,
AQ673652.1 SP6		  
22 RP11-22M5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb AC013709.3 AFMA037ZD1 B84237.1 T7,
AQ008916.1 SP6,
B84236.1 SP6		  
22 RP11-36N5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb   AFM292VA9 AQ045129.1 T7  
22 RP11-81B3 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb     AQ286813.1 SP6,
AQ286816.1 T7		  
22 RP11-91O6 CR 22q11.2(FHCRC)
22q11.21(NCI)
 chr22 16Mb     AQ282783.1 T7,
AQ282780.1 SP6		  
22 CTA-190D8 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 26Mb   stbK754D9T7 B18001.1 SP6,
B18002.1 T7		  
22 CTA-390C10 S 22q11.21~12.1(SC)
 chr22 24Mb AL008721.1   B14355.1 T7,
B14354.1 SP6		  
22 CTD-2164I18 C 22q11.2~12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   Hs.13944 AQ154116.1*u SP6,
AQ297242.1*u T7		  
22 CTA-221G9 RS 22q11.21~12.2(SC)
22q11.23c(NCI)
 chr22 23Mb Z99916.1 stbK76C9T7 BZ749006.1 T7,
BZ749005.1 SP6,
B18023.1 SP6		  
22 CTA-363A12 S 22q11.2~12.2(SC)
 chr22 33Mb AL020992.1   B14343.1 T7,
B14342.1 SP6		  
22 CTA-437G10 S 22q11.2~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL390209.1,
AL390210.1		   B14378.1 T7,
B14377.1 SP6		  
22 CTA-526G4 R 22q11.22a(NCI)
 chr22 20Mb   WI-362, stD22S112, WI-13513*u BZ749020.1 SP6,
BZ749021.1 T7		  
22 RP11-9F11 S 22q11.22~12.1(SC)
 chr22 23Mb AL050312.8   B72532.1*u SP6  
22 CTA-373H7 S 22q11.22~12.2(SC)
 chr22 25Mb Z99774.1   B13885.1 SP6  
22 RP11-46E17 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL050402.16 AFMB294ZC1 AQ198544.1 ,
AQ198535.1 		 
22 CTA-415G2 RS 22q11.23~12.3(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 31Mb Z83846.1 stD22S411E BZ749016.1 SP6,
BZ749017.1 T7		  
22 RP11-375H17 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr11 100Mb AL121885.22*d   AQ533795.1 SP6,
AQ533798.1 T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-375H17 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL121885.22   AQ533795.1*d SP6,
AQ533798.1*d T7		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-754D9 S 22q11.23~13.1(SC)
 chr22 26Mb AL050313.6   B14058.1 SP6,
B14059.1 T7		  
22 CTA-175E3 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb Z95113.2   B14235.1 SP6,
B14236.1 T7		  
22 CTA-211A9 S 22q12.1(SC)
 chr22 25Mb Z95889.1   B18018.1 T7,
B18017.1 SP6		  
22 CTA-243E7 S 22q12.1(SC)
 chr22 23Mb AL022323.7   B18054.1 T7,
B18053.1 SP6		  
22 CTA-445C9 S 22q12.1(SC)
 chr22 25Mb Z95115.1   B13949.1 T7  
22 CTA-57G9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1c(NCI)
 chr22 27Mb Z95116.1 stD22S991E.1 B13991.1 T7,
B18131.1 T7		  
22 CTA-732E4 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb AL008722.16   B14047.1 SP6,
B14048.1 T7		  
22 CTA-747E2 S 22q12.1(SC)
 chr22 27Mb AL021393.1   B14054.1 SP6,
B14055.1 T7		  
22 CTA-992D9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1b(NCI)
 chr22 25Mb AL008638.1 stWI-13238*u B14155.1 T7,
B14154.1 SP6		  
22 RP11-13J4 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFM211YF10, AFM211YF10*u B75132.1 T7,
B75131.1 SP6		  
22 RP11-22B4 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb AL080244.4   B92164.1 SP6,
AQ009382.1 T7		  
22 RP11-29I20 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFMA298YB5 B87595.1 T7  
22 RP11-76E8 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 22Mb   AFM309WD5 AQ265558.1 T7,
AQ265556.1 SP6		  
22 RP11-89A2 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb     AQ286117.1 SP6,
AZ516934.1 SP6,
AQ286118.1 T7		  
22 RP11-89E2 C 22q12.1(FHCRC)
 chr4 130Mb     AZ517006.1 T7,
AQ282707.1 T7,
AQ282704.1 SP6		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-89E2 C 22q12.1(FHCRC)
 chrY 1Mb     AZ517006.1 T7,
AQ282707.1 T7,
AQ282704.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-91K24 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 25Mb     AQ318756.1 T7,
AQ318755.1 SP6		  
22 CTA-984G1 S 22q12.1~12.2(SC)
 chr22 27Mb AL031186.8   B14149.1 T7  
22 CTA-221H1 RS 22q12(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 32Mb AL008717.1 stW1-355 BZ749008.1 T7,
B18024.1 T7,
BZ749007.1 SP6		  
22 CTA-342B11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr12 96Mb AL008719.5*d   B14521.1 T7,
B16381.1 SP6,
B14301.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-342B11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 30Mb AL008719.1   B14301.1 SP6,
B14521.1*d T7,
B16381.1*d SP6		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-544A11 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL023281.1   B14391.1 T7  
22 CTA-566G5 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 32Mb AL023577.1   B13975.1 T7,
B13974.1 SP6		  
22 CTA-766E1 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 31Mb AL023282.1   B14061.1 T7,
B14060.1 SP6		  
22 CTA-963H5 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC003072.1 stbK963H5T7 B14141.1 T7,
B14140.1 SP6		  
22 CTD-2194H2 R 22q12(UCSF)
 chr22 21Mb     AQ293820.1 SP6  
22 CTD-2281O12 R 22q12(UCSF)
 chr22 37Mb     AQ005949.1 SP6  
22 RP11-195M23 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ413393.1 T7,
AQ413390.1 SP6		  
22 RP11-254F5 S 22q12(SC)
 chr22 30Mb AL096702.10   AQ479783.1 T7,
AQ479751.1*u SP6		  
22 RP11-379L5 S 22q12(SC)
 chr16 51Mb     AQ532483.1 T7,
AQ532479.1 SP6		  
22 RP11-460A5 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ632866.1 SP6,
AQ632867.1 T7		  
22 RP11-79B21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 33Mb     AQ284055.1 T7,
AQ284052.1 SP6		  
22 RP11-79G21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 26Mb     AZ519044.1 SP6,
AQ317539.1 SP6,
AQ283491.1 SP6,
AQ283508.1 T7		  
22 RP11-79G6 C 22q12(FHCRC)
 chr22 28Mb     AZ519165.1 SP6,
AQ282650.1 SP6,
AQ282653.1 T7,
AQ581359.1*u T7		  
22 RP11-835H20 C 22q12(FHCRC)
         AQ833173.1*u T7  
22 RP11-89D12 C 22q12(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM168XA1, AFM168XA1*u AQ285741.1 T7  
22 RP11-89J4 C 22q12(FHCRC)
 chr22 34Mb     AQ286535.1 T7,
AQ286534.1*u SP6		  
22 RP11-90D17 C 22q12(FHCRC)
 chr22 28Mb     AQ283629.1 SP6,
AZ518416.1 T7,
AQ283631.1 T7		  
22 RP11-91J21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 28Mb   AFMA112ZD5*u AQ283573.1 SP6,
AQ283576.1 T7		  
22 CTA-212A2 RS 22q12(SC)
22q12.3d~13.1d(NCI)
 chr22 34Mb Z95114.19 WI-379, WI-16714, WI-2, stcN27A12T3 BZ749004.1 T7,
BZ749003.1 SP6		  
22 CTA-390B3 RS 22q12~13(SC)
22q13.1c(NCI)
 chr22 36Mb Z93096.1 stbK390B3.TP*u B13894.1 SP6,
B13895.1 T7		  
22 CTA-366B10 S 22q12.2~12.3(SC)
 chr22 31Mb AL031592.1   B14346.1 T7  
22 CTA-714B7 S 22q12.2~13.2(SC)
 chr22 33Mb Z99755.1   B14042.1 SP6  
22 CTA-566H6 S 22q12.2~13.32(SC)
 chr22 35Mb AL031845.7   B13977.1 T7,
B13976.1 SP6		  
22 CTA-99F11 R 22q12.2b(NCI)
         B14164.1*u SP6  
22 RP11-35I10 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 35Mb   AFM273VD9, AFM273VD9*u AQ047115.1  
22 RP11-65F22 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 30Mb   AFM331WC9*u AQ238076.1 T7,
AQ238073.1 SP6		  
22 RP11-70F2 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 31Mb   AFM225XF6, AFM225XF6*u AQ237732.1 T7,
AQ237730.1*u SP6		  
22 RP11-846G20 C 22q12.3(FHCRC)
         AQ799667.1*u T7,
AQ819247.1*u SP6		  
22 RP11-90I17 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 35Mb     AQ281794.1 SP6,
AQ281797.1 T7		  
22 RP11-105I18 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM262VH5, AFM262VH5*u AQ317937.1 SP6,
AQ347964.1 T7		  
22 RP11-449B17 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 32Mb     AQ584244.1 T7,
AQ584240.1*u SP6		  
22 RP11-6H10 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM112YB4 B49420.1 T7,
B49419.1*u SP6		  
22 CTA-206C7 S 22q12.3~13.2(SC)
 chr22 30Mb AL008716.11*d   B18012.1 T7 multiple_placements_on_genome
22 CTA-206C7 S 22q12.3~13.2(SC)
 chr22 38Mb AL008716.1   B18012.1*d T7 multiple_placements_on_genome
22 CTA-223H9 S 22q12.3~13.2(SC)
 chr22 40Mb AL008582.11   B18027.1 T7,
B18026.1 SP6		  
22 CTA-833B7 S 22q12.3~13.2(SC)
 chr22 35Mb AL008637.1   B14084.1 T7,
B14083.1 SP6		  
22 CTA-228A9 S 22q12.3~13.32(SC)
 chr22 36Mb AL022322.1   B18032.1 T7,
B18031.1 SP6		  
22 CTA-191D12 S 22q13.1(SC)
 chr22 34Mb AL031426.1   B14246.1 T7,
B14245.1 SP6		  
22 RP11-108C6 C 22q13.1(FHCRC)
 chr22 37Mb   AFM024XC9, AFM024XC9*u AQ318337.1 T7,
AQ318333.1 SP6		  
22 CTA-150C2 RS 22q13.1~13.2(SC)
22q13.1d(NCI)
 chr22 37Mb AL022318.2 stbK236E8TP B18203.1 SP6,
B18204.1 T7		  
22 CTA-250D10 RS 22q13.1~13.2(SC)
22q13.2b~13.2c(NCI)
 chr22 40Mb Z99716.4 WI-12706, SGC30242, D22S307, WI-6209, D22S410E, WI-7665, stCYP2DP1 BZ749011.1 T7,
B14274.1 SP6		  
22 CTA-282F2 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 31Mb AL008630.1   B18077.1 SP6  
22 CTA-989H11 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 40Mb Z83851.17   B14482.1 T7,
B14481.1 SP6		  
22 CTA-352E11 S 22q13.1~13.31(SC)
 chr22 38Mb AL022353.1   B14334.1 SP6,
B14335.1 T7		  
22 CTA-216E10 S 22q13(SC)
 chr22 40Mb Z83840.7   B14251.1 T7  
22 CTA-229A8 RS 22q13(SC)
22q13.2b(NCI)
 chr22 39Mb Z86090.10 stbK229A8.SP6, D22S279 BZ749010.1 T7,
BZ749009.1 SP6		  
22 CTA-941F9 S 22q13(SC)
 chr22 44Mb Z95331.2   B14132.1 SP6,
B14133.1 T7		  
22 RP11-66M5 C 22q13(FHCRC)
 chr22 46Mb   AFM268YG1 AQ195218.1 ,
AQ239013.1 T7		  
22 CTD-2193A19 R 22q13.2(UCSF)
 chr22 38Mb     AQ219322.1 SP6,
AQ242599.1*u T7		  
22 RP11-116K16 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5 AQ344456.1 T7,
AQ344455.1*u SP6		  
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 RP11-81N15 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 40Mb     AQ282008.1 SP6,
AQ282010.1 T7		  
22 RP11-89H4 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 42Mb     AQ285874.1 T7,
AQ285871.1*u SP6		  
22 CTA-126B4 S 22q13.2~13.31(SC)
 chr22 41Mb AL022316.2   B18185.1 SP6,
B18186.1 T7		  
22 CTA-397C4 RS 22q13.2~13.31(SC)
22q13.31c~13.31d(NCI)
 chr22 43Mb Z81308.2 stD22S40*u B13909.1 T7,
B13908.1 SP6		  
22 CTA-268H5 RS 22q13.2~13.3(SC)
22q13.31d~13.31e(NCI)
 chr22 43Mb AL008718.23 AFMA151XE9 B18070.1 SP6,
BZ749013.1 T7,
BZ749012.1 SP6		  
22 CTA-414D7 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 42Mb AL033543.6   B13932.1 SP6  
22 CTA-722E9 RS 22q13.2~13.33(SC)
22q13.33a(NCI)
 chr22 48Mb AL008636.1 stbK148G1TV B14046.1 T7,
B14045.1 SP6		  
22 RP11-135L16 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 42Mb   stcN75B3T7 AQ381889.1 SP6,
AQ381892.1 T7		  
22 RP11-140I15 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 44Mb AL049811.3   AQ385476.1 T7,
AQ385463.1 SP6		  
22 RP11-232E17 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 48Mb AL080240.7   AQ478666.1*u SP6  
22 RP11-262A13 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 47Mb AL096843.11   AQ487669.1 T7,
AQ487668.1 SP6		  
22 RP11-55J11 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 47Mb     AQ083481.1 ,
AQ083482.1 		 
22 RP11-49M22 C 22q13.31(FHCRC)
 chr22 43Mb   AFMB336WF9 AQ059762.1 ,
AQ051991.1 		 
22 CTA-280A3 S 22q13.31~13.33(SC)
 chr22 46Mb AL110121.1,
AL110122.1		   B18076.1 SP6  
22 CTA-299D3 RS 22q13.3(SC)
22q13.32b(NCI)
 chr22 47Mb Z84468.1 stbK299D3A B18085.1 SP6,
BZ749015.1 T7,
BZ749014.1 SP6		  
22 CTA-343C1 S 22q13.3(SC)
 chr6 118Mb AL008720.1*d   B14812.1 T7,
B16677.1 SP6,
B13839.1*d SP6,
B13840.1*d T7,
B16678.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-343C1 S 22q13.3(SC)
 chr22 46Mb AL008720.1   B13839.1 SP6,
B13840.1 T7,
B14812.1*d T7,
B16677.1*d SP6,
B16678.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 CTA-393G1 R 22q13.3(CSMC)
 chr22 44Mb   CHLC.GGAT3A11, D22S1102 B13906.1 T7,
B13905.1 SP6		  
22 CTA-999D10 S 22q13.3(SC)
 chr22 49Mb Z94802.1   B14483.1 SP6,
B14484.1 T7		  
22 CTB-109B5 RS 22q13.31~13.33(SC)
22q13.31f(NCI)
 chr22 46Mb AL021306.1 stcN75H12B BZ748969.1 SP6,
BZ748970.1 T7		  
22 RP11-1113I2 C 22q13.3(FHCRC)
 chr22 48Mb     AQ748004.1 SP6,
AQ747438.1 T7		  
22 RP11-354I12 S 22q13.31~13.33(SC)
 chr22 47Mb AL078613.10   AQ552733.1 T7,
AQ531383.1 SP6		  
22 RP11-61L22 C 22q13.3(FHCRC)
 chr22 44Mb   AFMA151XE9 AQ202264.1 ,
AQ202260.1*u 		 
22 CTA-799F10 RS 22q13.33(SC)
22q13.33b(NCI)
 chr22 49Mb Z82245.1 stD22S163b, WI-8917*u BZ749023.1 T7,
BZ749022.1 SP6		  
22 CTD-3018K1 22qter(UChicago)
 chr22 49Mb     AQ093314.1 T7,
AQ119887.1 SP6		  
total119C:39 R:26 S:73119116 6348119 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag

  *d indicates sequences that disagree with placement on the genome.

  *u indicates seqeunces that didn't align to the genome or were not used for annotation because the clone was placed to multiple locations on the human genome.