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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 CTA-115F6 RS 22q11.1~11.21(SC)
22q11.1d(NCI)
 chr22 16Mb   D22S137 B18171.1 T7,
B18170.1 SP6		  
22 CTA-154H4 RS 22q11.1~11.21(SC)
 chr7 114Mb   stD22S181*u, RH27840*u CG734373.1 SP6,
CG734372.1 T7,
BZ749002.1*u T7		  
22 RP11-186O8 S 22q11.1~11.22(SC)
 chr22 18Mb   D22S452*u AQ421753.1 SP6  
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5 AQ342054.1*d SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-100K2 C 22q11.1~11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM288WE5 AQ342054.1 SP6,
AQ322135.1*u T7		 multiple_placements_on_genome
22 RP11-460J2 S 22q11.1~11.23(SC)
       D22S452*u    
22 CTA-322B1 RS 22q11.23a(NCI)
22q11~12(SC)
 chr22 22Mb Z84718.2 WI-7416, stbK322B1T7 B13824.1 SP6,
B13825.1 T7		  
22 CTA-357F7 S 22q11.21(SC)
 chr22 16Mb   WI-15321    
22 CTA-872B4 S 22q11.21(SC)
 chr22 16Mb   D22S137 B14102.1 T7,
B14101.1 SP6		  
22 CTA-77H2 S 22q11.2(SC)
 chr22 16Mb   WI-15321    
22 RP11-172D7 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM217XF4, AFM217XF4*u    
22 RP11-22M5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb AC013709.3 AFMA037ZD1 B84237.1 T7,
AQ008916.1 SP6,
B84236.1 SP6		  
22 RP11-239G23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5   multiple_placements_on_genome
22 RP11-239G23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 16Mb   AFM288WE5   multiple_placements_on_genome
22 RP11-278E23 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 19Mb AC013360.4 AA620715*u, AI345015*u    
22 RP11-36N5 C 22q11.2(FHCRC)
 chr22 20Mb   AFM292VA9 AQ045129.1 T7  
22 CTA-190D8 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 26Mb   stbK754D9T7 B18001.1 SP6,
B18002.1 T7		  
22 CTA-52C3 S 22q11.2~12.1(SC)
 chr22 21Mb   D22S257, D22S257*u    
22 CTD-2164I18 C 22q11.2~12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   Hs.13944 AQ154116.1*u SP6,
AQ297242.1*u T7		  
22 RP3-370D16 S 22q11.21~12.1(SC)
 chr22 23Mb   stbK344C7SP6    
22 CTA-221G9 RS 22q11.21~12.2(SC)
22q11.23c(NCI)
 chr22 23Mb Z99916.1 stbK76C9T7 BZ749006.1 T7,
BZ749005.1 SP6,
B18023.1 SP6		  
22 CTA-526G4 R 22q11.22a(NCI)
 chr22 20Mb   WI-362, stD22S112, WI-13513*u BZ749020.1 SP6,
BZ749021.1 T7		  
22 RP1-66A20 S 22q11.22~12.2(SC)
 chr22 25Mb   D22S604    
22 RP11-46E17 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 26Mb AL050402.16 AFMB294ZC1 AQ198544.1 ,
AQ198535.1 		 
22 RP5-848E6 S 22q11.22~12.3(SC)
 chr22 30Mb   stbK210G9SP6    
22 CTA-415G2 RS 22q11.23~12.3(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 31Mb Z83846.1 stD22S411E BZ749016.1 SP6,
BZ749017.1 T7		  
22 RP13-388M4 S 22q11.23~12.3(SC)
 chr22 26Mb   stdJ213J1p.sp6    
22 CTA-57G9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1c(NCI)
 chr22 27Mb Z95116.1 stD22S991E.1 B13991.1 T7,
B18131.1 T7		  
22 CTA-992D9 RS 22q12.1(SC)
22q12.1b(NCI)
 chr22 25Mb AL008638.1 stWI-13238*u B14155.1 T7,
B14154.1 SP6		  
22 RP11-13J4 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFM211YF10, AFM211YF10*u B75132.1 T7,
B75131.1 SP6		  
22 RP11-29I20 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 24Mb   AFMA298YB5 B87595.1 T7  
22 RP11-5O6 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 26Mb   AFMB294ZC1    
22 RP11-76E8 C 22q12.1(FHCRC)
 chr22 22Mb   AFM309WD5 AQ265558.1 T7,
AQ265556.1 SP6		  
22 CTA-221H1 RS 22q12(SC)
22q12.3(NCI)
 chr22 32Mb AL008717.1 stW1-355 BZ749008.1 T7,
B18024.1 T7,
BZ749007.1 SP6		  
22 CTA-963H5 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC003072.1 stbK963H5T7 B14141.1 T7,
B14140.1 SP6		  
22 CTB-3K3 R 22q12(CSMC)
 chr22 33Mb   AFMA223YD9    
22 RP1-15I23 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 28Mb AC004819.2 SGC33524*u    
22 RP11-129B19 C 22q12(FHCRC)
 chr22 33Mb   AFMA223YD9    
22 RP11-195M23 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ413393.1 T7,
AQ413390.1 SP6		  
22 RP11-213L15 C 22q12(FHCRC)
 chr22 27Mb   AFMA247XE1    
22 RP11-233I24 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-234B8 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-26I11 C 22q12(FHCRC)
 chr22 26Mb   AFMA190WE5    
22 RP11-446H20 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stdJ366L4.X.6856    
22 RP11-460A5 S 22q12(SC)
 chr22 27Mb   stbK732E4.0.179 AQ632866.1 SP6,
AQ632867.1 T7		  
22 RP11-528B21 S 22q12(SC)
 chr22 29Mb   stbK963H5    
22 RP11-89D12 C 22q12(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM168XA1, AFM168XA1*u AQ285741.1 T7  
22 RP11-91J21 C 22q12(FHCRC)
 chr22 28Mb   AFMA112ZD5*u AQ283573.1 SP6,
AQ283576.1 T7		  
22 RP3-400N23 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC005003.2 WI-14622    
22 RP3-502F8 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb   D22S528    
22 RP4-539M6 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC004832.3 D22S1023E    
22 RP4-629F15 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 30Mb   stdJ515N1A    
22 RP4-641J3 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 30Mb   stdJ515N1A    
22 RP5-1198O21 S 22q12.1~12.3(SC)
 chr22 29Mb AC005233.2 stdJ412A9T7    
22 RP5-924I20 S 22q12(SC)
 chr22 30Mb   stbK210G9SP6    
22 CTA-212A2 RS 22q12(SC)
22q12.3d~13.1d(NCI)
 chr22 34Mb Z95114.19 WI-379, WI-16714, WI-2, stcN27A12T3 BZ749004.1 T7,
BZ749003.1 SP6		  
22 CTA-256C5 S 22q12~13(SC)
 chr22 35Mb   D22S102    
22 CTA-390B3 RS 22q12~13(SC)
22q13.1c(NCI)
 chr22 36Mb Z93096.1 stbK390B3.TP*u B13894.1 SP6,
B13895.1 T7		  
22 RP4-548G2 S 22q12.2~13.1(SC)
       stdJ37E16T7*u    
22 RP11-235O23 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 36Mb   AFMB001VH5    
22 RP11-35I10 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 35Mb   AFM273VD9, AFM273VD9*u AQ047115.1  
22 RP11-5I24 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 32Mb   AFMB360ZF9    
22 RP11-65F22 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 30Mb   AFM331WC9*u AQ238076.1 T7,
AQ238073.1 SP6		  
22 RP11-70F2 C 22q12.3(FHCRC)
 chr22 31Mb   AFM225XF6, AFM225XF6*u AQ237732.1 T7,
AQ237730.1*u SP6		  
22 RP11-105I18 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM262VH5, AFM262VH5*u AQ317937.1 SP6,
AQ347964.1 T7		  
22 RP11-125J19 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 33Mb   AFM256VD1    
22 RP11-62G2 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM168XA1, AFM168XA1*u    
22 RP11-6H10 C 22q12.3~13.1(FHCRC)
 chr22 34Mb   AFM112YB4 B49420.1 T7,
B49419.1*u SP6		  
22 CTA-904H4 R 22q13.1(CSMC)
 chr22 32Mb   D22S1158    
22 CTB-22K3 R 22q13.1(CSMC)
 chr22 34Mb   AFM168XA1    
22 RP1-209N20 S 22q13.1(SC)
 chr22 39Mb   SHGC-10575    
22 RP11-108C6 C 22q13.1(FHCRC)
 chr22 37Mb   AFM024XC9, AFM024XC9*u AQ318337.1 T7,
AQ318333.1 SP6		  
22 RP3-458M24 S 22q13.1(SC)
 chr22 40Mb   RH11229    
22 RP3-466L21 S 22q13.1(SC)
 chr22 40Mb   stdJ979N1T    
22 RP4-618N19 S 22q13.1(SC)
 chr22 40Mb   stdJ979N1T    
22 RP4-763O9 S 22q13.1(SC)
 chr22 40Mb   stdJ979N1T    
22 RP5-1099B2 S 22q13.1(SC)
 chr22 39Mb   stdJ827N12T    
22 RP5-997M22 S 22q13.1(SC)
 chr22 39Mb   WI-11646    
22 CTA-150C2 RS 22q13.1~13.2(SC)
22q13.1d(NCI)
 chr22 37Mb AL022318.2 stbK236E8TP B18203.1 SP6,
B18204.1 T7		  
22 CTA-250D10 RS 22q13.1~13.2(SC)
22q13.2b~13.2c(NCI)
 chr22 40Mb Z99716.4 WI-12706, SGC30242, D22S307, WI-6209, D22S410E, WI-7665, stCYP2DP1 BZ749011.1 T7,
B14274.1 SP6		  
22 RP4-580D17 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   stdJ997M22T    
22 RP4-611A3 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 40Mb   RH11229    
22 RP5-1045M10 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 38Mb   SGC34165    
22 RP5-1045P1 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   D22S980E    
22 RP5-1197D14 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   stdJ997M22T    
22 RP5-827N12 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   stdJ997M22T    
22 RP5-925E6 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   stdJ827N12T    
22 RP5-981J17 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 39Mb   stbK229A8.SP6    
22 RP5-981L17 S 22q13.1~13.2(SC)
 chr22 38Mb   SGC34165    
22 CTA-229A8 RS 22q13(SC)
22q13.2b(NCI)
 chr22 39Mb Z86090.10 stbK229A8.SP6, D22S279 BZ749010.1 T7,
BZ749009.1 SP6		  
22 RP11-66M5 C 22q13(FHCRC)
 chr22 46Mb   AFM268YG1 AQ195218.1 ,
AQ239013.1 T7		  
22 RP11-116K16 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5 AQ344456.1 T7,
AQ344455.1*u SP6		  
22 RP11-206B19 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 40Mb   AFMB002XE9    
22 RP11-230B8 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 42Mb   AFM288WE5    
22 RP11-4H24 C 22q13.2(FHCRC)
 chr22 38Mb   AFM261XD9, AFM261XD9*u    
22 RP5-1036L14 S 22q13.2(SC)
 chr22 39Mb   D22S279    
22 CTA-397C4 RS 22q13.2~13.31(SC)
22q13.31c~13.31d(NCI)
 chr22 43Mb Z81308.2 stD22S40*u B13909.1 T7,
B13908.1 SP6		  
22 RP5-940P22 S 22q13.2~13.31(SC)
 chr22 42Mb   stbK70A10TV    
22 CTA-268H5 RS 22q13.2~13.3(SC)
22q13.31d~13.31e(NCI)
 chr22 43Mb AL008718.23 AFMA151XE9 B18070.1 SP6,
BZ749013.1 T7,
BZ749012.1 SP6		  
22 CTA-722E9 RS 22q13.2~13.33(SC)
22q13.33a(NCI)
 chr22 48Mb AL008636.1 stbK148G1TV B14046.1 T7,
B14045.1 SP6		  
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
22 RP11-135L16 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 42Mb   stcN75B3T7 AQ381889.1 SP6,
AQ381892.1 T7		  
22 RP11-328M17 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 47Mb   D22S922    
22 RP11-428L10 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 48Mb   stdJ406J13S    
22 RP13-164O21 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 42Mb AL671435.3 stcN13B1T7    
22 RP13-202L15 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 49Mb   stdJ402G11A    
22 RP13-207P14 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 49Mb   stdJ402G11A    
22 RP13-279K15 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 49Mb   stdJ402G11A    
22 RP13-40H14 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 49Mb   stdJ402G11A    
22 RP13-89E7 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stdJ925J7T.B    
22 RP4-593E21 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 23Mb   A009O20, A009O20*u    
22 RP5-1019F9 S 22q13.2~13.33(SC)
 chr22 23Mb   A009O20, A009O20*u    
22 RP11-49M22 C 22q13.31(FHCRC)
 chr22 43Mb   AFMB336WF9 AQ059762.1 ,
AQ051991.1 		 
22 CTA-299D3 RS 22q13.3(SC)
22q13.32b(NCI)
 chr22 47Mb Z84468.1 stbK299D3A B18085.1 SP6,
BZ749015.1 T7,
BZ749014.1 SP6		  
22 CTA-393G1 R 22q13.3(CSMC)
 chr22 44Mb   CHLC.GGAT3A11, D22S1102 B13906.1 T7,
B13905.1 SP6		  
22 CTB-109B5 RS 22q13.31~13.33(SC)
22q13.31f(NCI)
 chr22 46Mb AL021306.1 stcN75H12B BZ748969.1 SP6,
BZ748970.1 T7		  
22 RP11-133P21 C 22q13.3(FHCRC)
 chr22 47Mb   AFMB337ZH9    
22 RP11-61L22 C 22q13.3(FHCRC)
 chr22 44Mb   AFMA151XE9 AQ202264.1 ,
AQ202260.1*u 		 
22 RP13-103J4 S 22q13.31~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stdJ925J7T.B    
22 RP13-8M13 S 22q13.31~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stdJ925J7T.B    
22 RP5-924F1 S 22q13.31~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stbK299D3A    
22 RP3-444F19 S 22q13.32~13.33(SC)
       stbK245E7.TP*u    
22 RP4-529H9 S 22q13.32~13.33(SC)
 chr22 48Mb   stdJ522J7SP6    
22 RP4-626I13 S 22q13.32~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stCPG1E7r    
22 RP4-730G14 S 22q13.32~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stcN21F1B    
22 RP4-795N7 S 22q13.32~13.33(SC)
 chr22 47Mb   stCPG1E7r    
22 CTA-799F10 RS 22q13.33(SC)
22q13.33b(NCI)
 chr22 49Mb Z82245.1 stD22S163b, WI-8917*u BZ749023.1 T7,
BZ749022.1 SP6		  
22 RP4-632G9 S 22q13.33(SC)
 chr22 47Mb   stcN21F1A    
total125C:34 R:24 S:86125122 2612548 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag

  *d indicates sequences that disagree with placement on the genome.

  *u indicates seqeunces that didn't align to the genome or were not used for annotation because the clone was placed to multiple locations on the human genome.