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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
8 RP11-143D15 C 8p23(FHCRC)
chr8 6Mb AC011835.8 AA125872 AQ371820.1 T7,
AQ371819.1 SP6
 
8 RP11-45M12 C 8p23(FHCRC)
chr8 3Mb AC009428.4   AQ194413.1 ,
AQ194415.1
 
8 RP11-79I19 C 8p23(FHCRC)
chr8 3Mb AC084222.6   AQ283728.1 T7,
AZ519068.1 SP6,
AQ317568.1 SP6
 
8 RP11-86A14 C 8p23(FHCRC)
chr8 0Mb AC018869.4,
AC091692.6
     
8 RP11-91J19 C 8p23(FHCRC)
chr8 0Mb AC083964.3   AQ283567.1 SP6,
AQ283570.1 T7
 
8 RP11-287P18 C 8p22~23(FHCRC)
chr8 7Mb AC130360.4 SHGC-12200    
8 RP11-89I12 C 8p23.2(FHCRC)
chr8 4Mb AC084705.4   AQ282892.1 T7,
AQ282890.1 SP6
 
8 RP11-11P7 R 8p23.2c(NCI)
chr8 2Mb AC019274.5   B74941.1 T7,
B74940.1 SP6
 
8 RP11-235I5 CR 8p23.1(FHCRC)
8p23.1a(NCI)
chr8 11Mb AC090790.4 SHGC-33472 AQ485960.1 T7,
AQ485959.1 SP6
 
8 RP11-141K9 C 8p22(FHCRC)
chr8 17Mb AC084079.2 R26163 AQ385195.1 T7,
AQ385193.1 SP6
 
8 RP11-353K12 C 8p22(FHCRC)
chr8 20Mb AC025853.17   AQ533583.1 T7,
AQ533581.1 SP6
 
8 RP11-525O22 C 8p22(FHCRC)
chr8 17Mb AC034166.4,
AC087625.12
     
8 RP11-89M16 R 8p22(FHCRC)
8p22a(NCI)
chr8 17Mb AC015807.5*d   AZ517262.1 T7,
AQ283418.1 T7,
AQ283415.1 SP6
multiple_placements_on_genome
8 RP11-89M16 R 8p22(FHCRC)
8p22a(NCI)
chr8 129Mb AC015807.5   AQ283415.1*d SP6,
AQ283418.1*d T7,
AZ517262.1*d T7
multiple_placements_on_genome
8 RP11-89O4 C 8p22(FHCRC)
chr8 20Mb AC087619.4   AQ283535.1 T7,
AZ517692.1 SP6,
AQ283532.1 SP6
 
8 RP11-90J21 C 8p22(FHCRC)
chr8 8Mb AC083927.4   AQ284379.1 SP6,
AZ518549.1 T7,
AQ284381.1 T7
 
8 RP11-90O17 C 8p22(FHCRC)
chr8 12Mb AC083925.2*u   AQ285551.1 T7,
BZ089436.1 ,
BZ089432.1 ,
AQ285548.1 SP6
 
8 RP11-23H1 R 8p22c(NCI)
chr8 15Mb AC020992.10   AQ013789.1 ,
AQ013787.1
 
8 RP11-468H14 R 8p22b(NCI)
chr8 16Mb AC079193.10   AQ637600.1 SP6,
AQ637602.1 T7
 
8 RP11-108E14 R 8p21.3c~21.3b(NCI)
chr8 20Mb AC018541.7   AQ318454.1 SP6,
AQ318633.1 T7
 
8 RP11-110I16 C 8p21.3(FHCRC)
chr8 21Mb AC105178.1*u SHGC-31819 AQ323919.1 T7,
AQ350174.1*u SP6
 
8 RP11-138J2 CR 8p21(FHCRC)
8p21.2a(NCI)
chr8 27Mb AC010856.12 SHGC-35790 AQ384966.1 SP6,
AQ349046.1 T7
 
8 RP11-459E5 C 8p21(FHCRC)
chr8 22Mb AC055854.14   AQ585469.1 T7  
8 RP11-722A15 C 8p21(FHCRC)
chr8 26Mb AC022911.6   AQ462161.1 T7,
AQ513457.1 SP6
 
8 RP11-89M8 C 8p21(FHCRC)
chr8 22Mb AC084081.6 AA453410 AQ283395.1 T7  
8 RP11-662B19 CR 8p12~21(FHCRC)
8p21.1c(NCI)
chr8 28Mb AC040975.8   AQ496232.1 T7,
AQ434593.1 SP6
 
8 RP11-799H21 C 8p12~21(FHCRC)
chr8 29Mb AC055851.3   AQ556279.1 T7  
8 RP11-90M13 C 8p21.2(FHCRC)
chr8 25Mb AC084080.3   AQ283761.1 T7  
8 RP11-219J21 R 8p21.2b(NCI)
chr8 25Mb AC009623.6      
8 RP11-1002K11 C 8p12(FHCRC)
chr8 32Mb AC113209.4   AQ594898.1 SP6,
AQ714438.1*u T7
 
8 RP11-122D17 C 8p12(FHCRC)
chr8 32Mb AC114590.1*u SHGC-12780 AQ343570.1 T7,
AQ383764.1 SP6
 
8 RP11-139G9 C 8p12(FHCRC)
chr8 31Mb AC140512.1*u SHGC-37564 AQ385684.1 T7  
8 RP11-263C6 C 8p12(FHCRC)
chr8 28Mb AC024064.4, AC090143.4*u      
8 RP11-363L24 C 8p12(FHCRC)
chr8 31Mb AC009563.12      
8 RP11-380I10 C 8p12(FHCRC)
chr8 28Mb AC021678.13   AQ535165.1 SP6  
8 RP11-451O18 C 8p12(FHCRC)
chr8 33Mb AC104027.4   AQ584159.1 T7  
8 RP11-79H13 C 8p12(FHCRC)
chr8 34Mb AC090929.2,
AF306443.5
  AQ284240.1 T7,
AQ284226.1 SP6
 
8 RP11-89G22 8p12(FHCRC)
chr8 36Mb AC090809.9   AQ282854.1 SP6,
AQ282856.1 T7
 
8 RP11-91A19 8p12(FHCRC)
chr8 34Mb AC083963.6   AZ518689.1 T7,
AQ286326.1 T7,
AQ286324.1 SP6
 
8 RP11-333B24 C 8p11.2~12(FHCRC)
chr8 38Mb AC026327.10,
AC090129.3
     
8 RP11-89M20 C 8p11.2~12(FHCRC)
chr8 35Mb AC124290.5   AQ283517.1 T7,
AZ517683.1 SP6,
AQ283514.1 SP6
 
8 RP11-2I13 R 8p12c(NCI)
chr8 33Mb AC015779.8   B48555.1 T7,
B48554.1 SP6
 
8 RP11-513D5 C 8p11.2(FHCRC)
chr8 38Mb AC024242.3,
AC087362.13
     
8 RP11-675F6 C 8p11.2(FHCRC)
chr8 38Mb AC069120.9      
8 RP11-89A4 C 8p11.2(FHCRC)
chr8 42Mb AC087533.7,
AF311104.2
  AZ516938.1 T7,
AQ286120.1 T7,
AZ516936.1 SP6,
AQ286119.1 SP6
 
8 RP11-90P5 C 8p11.2(FHCRC)
chr8 38Mb AC084024.17   AQ285220.1 SP6,
AQ285223.1 T7,
AZ518648.1 T7
 
8 RP11-231D20 C 8p11.1~11.2(FHCRC)
chr8 42Mb AC083973.14,
AF271407.3
  AQ491616.1 T7,
AQ491614.1 SP6
 
8 RP11-44K6 R 8p11.21c(NCI)
chr8 39Mb AC007991.7   AQ202481.1 ,
AQ202482.1
 
8 RP11-125F4 R 8p11.21b(NCI)
chr8 41Mb AC024027.3, AC090140.2*u   AQ344016.1 T7,
CL423173.1 T7
 
8 RP11-726G23 R 8p11.1b(NCI)
chr8 43Mb AC022616.9      
8 RP11-22E14 C 8q11.1~11.2(FHCRC)
chr8 57Mb AC083961.2 R83836 B86174.1 T7,
B86173.1 SP6,
AQ009055.1 SP6
 
8 RP11-113H14 R 8q11.21a(NCI)
chr8 48Mb AC021236.10   AQ343295.1 T7,
AQ343293.1 SP6
 
8 RP11-23K11 C 8q11.2~12(FHCRC)
chr8 59Mb AC068522.7 N62766 B86490.1 SP6,
AQ009356.1 T7,
B86491.1 T7
 
8 RP11-400K9 C 8q11.2~12(FHCRC)
chr8 54Mb AC022034.7      
8 RP11-10H3 R 8q11.21c(NCI)
chr8 50Mb AC022568.7   B71712.1 SP6,
B71713.1 T7
 
8 RP11-105K5 C 8q11.22(FHCRC)
chr8 54Mb AC103763.2 SHGC-18023 AQ317110.1 T7,
AQ317108.1 SP6
 
8 RP11-11C20 R 8q11.23a(NCI)
chr8 52Mb AC090186.7,
AF233070.3
  B73085.1 T7,
B73084.1 SP6
 
8 RP11-26P22 R 8q11.23b(NCI)
chr8 54Mb AC016113.9   B87018.1 T7,
B87017.1 SP6
 
8 RP11-767C6 R 8q11.23d(NCI)
chr8 55Mb AC044836.9   AQ467082.1 T7,
AQ494949.1 SP6
 
8 RP11-16M8 R 8q12.1a(NCI)
chr8 57Mb AC012349.11   B75513.1 T7,
B75512.1 SP6
 
8 RP11-562L3 C 8q12(FHCRC)
chr8 59Mb AC020782.12      
8 RP11-661A3 C 8q12(FHCRC)
chr8 59Mb AC024249.3,
AC092700.2
  AQ609970.1 SP6,
AQ459495.1 T7
 
8 RP11-687A13 C 8q12(FHCRC)
chr8 63Mb AC019357.7   AQ410279.1 T7  
8 RP11-89A16 C 8q12(FHCRC)
chr8 66Mb AC087808.2   AQ286848.1 T7,
AQ286847.1 SP6
 
8 RP11-91I20 CR 8q12(FHCRC)
8q12.1d(NCI)
chr8 61Mb AC068389.10 SHGC-12703 AQ282589.1 T7,
AQ282586.1 SP6
 
8 RP11-163N6 C 8q12~13(FHCRC)
chr8 61Mb AC022555.8   AQ381204.1 T7,
AQ381200.1*u SP6
 
8 RP11-271O1 C 8q12~13(FHCRC)
chr8 67Mb AC087768.3 SHGC-12833    
8 RP11-707M3 CR 8q12~13(FHCRC)
8q13.1a(NCI)
chr8 66Mb AC055822.10   AQ408447.1 T7,
AQ438371.1 SP6
 
8 RP11-114M5 R 8q12.1b(NCI)
chr8 59Mb AC009927.10   AQ345497.1 SP6,
AQ345500.1 T7
 
8 RP11-317H6 R 8q12.3a(NCI)
chr8 62Mb AC013543.16   AQ535202.1 T7,
AQ535192.1 SP6
 
8 RP11-92M10 C 8q12.3(FHCRC)
chr8 65Mb AC103859.1*u SHGC-18049 AQ321488.1 T7,
AQ286277.1 SP6
 
8 RP11-45K10 R 8q12.3c(NCI)
chr8 64Mb AC011124.9   AQ201259.1  
8 RP11-382J12 C 8q13~21.1(FHCRC)
chr8 71Mb AC022731.4      
8 RP11-79G22 C 8q13~21.1(FHCRC)
chr8 70Mb AC084707.2 SHGC-5142 AZ519172.1 SP6,
AQ283080.1 T7
 
8 RP11-343B22 R 8q13.2a~13.2b(NCI)
chr8 68Mb AC022861.4   AQ538958.1 T7,
AQ538955.1 SP6
 
8 RP11-131P18 R 8q13.2c(NCI)
chr8 70Mb AC013746.10      
8 RP11-11K9 R 8q13.3c(NCI)
chr8 72Mb AC016465.8   B71897.1 T7,
B71896.1 SP6
 
8 RP11-107F3 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 74Mb AC110065.1*u SHGC-34375 AQ321882.1 SP6,
AQ321884.1 T7
 
8 RP11-115D10 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 80Mb AC009941.5 AFM172XF10 AQ347271.1 T7,
AQ347268.1 SP6
 
8 RP11-15K1 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 80Mb AC021482.10   B82425.1 T7  
8 RP11-24L2 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 53Mb AC013650.8 SHGC-35192*d   multiple_placements_on_genome
8 RP11-24L2 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 74Mb AC013650.8*d SHGC-35192   multiple_placements_on_genome
8 RP11-523D2 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 79Mb AC023138.5, AC090892.1*u      
8 RP11-531A24 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 73Mb AC022893.6      
8 RP11-594N15 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 79Mb AC068700.5   AQ335907.1 SP6,
AQ336871.1 T7
 
8 RP11-79H23 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 79Mb AC083837.4   AQ284258.1 SP6  
8 RP11-88N8 CR 8q21.1(FHCRC)
8q21.11d(NCI)
chr8 75Mb AC087532.2,
AF305874.2
  AQ281550.1 SP6,
AZ516872.1 T7,
AQ281551.1 T7
 
8 RP11-89H1 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 77Mb AC090711.3,
AC129985.1
  AZ517764.1 T7,
AQ284691.1 T7
 
8 RP11-89I14 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 80Mb AC087769.7   AZ517207.1 T7,
AQ282906.1 T7,
AZ517203.1 SP6,
AQ282905.1 SP6
 
8 RP11-91P17 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 79Mb AC084706.11   AQ284280.1 SP6,
AQ284283.1 T7
 
8 RP11-92K15 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 81Mb AC009686.14 AFM210XH8 AQ319555.1 SP6,
AQ286209.1 T7
 
8 RP11-93J13 C 8q21.1(FHCRC)
chr8 78Mb AC067832.3 SHGC-20497 AQ323734.1 T7  
8 RP11-90B7 C 8q21.1~21.3(FHCRC)
chr8 79Mb AC083930.1*u SHGC-9361 AQ283423.1 SP6,
AZ517975.1 T7,
AQ283513.1 T7
 
8 RP11-359N14 R 8q21.11b(NCI)
chr8 74Mb AC020670.4   AQ541610.1 SP6  
8 RP11-48B3 R 8q21.13a(NCI)
chr8 81Mb AC009812.17   AQ199304.1 ,
AQ199306.1
 
8 RP11-426C8 R 8q21.13c(NCI)
chr8 83Mb AC022260.6   AQ528870.1*u SP6  
8 RP11-97P19 R 8q21.13d(NCI)
chr8 84Mb AC016879.6   AQ319566.1 T7,
AQ319565.1*u SP6
 
8 RP11-219B4 C 8q21.2~21.3(FHCRC)
chr8 86Mb AC011773.9      
8 RP11-257P3 C 8q21.2~21.3(FHCRC)
chr8 82Mb AC023644.6 AFM185XE9 AQ481070.1 T7,
AQ481066.1 SP6
 
8 RP11-363E6 C 8q21.2~21.3(FHCRC)
chr8 82Mb AC009902.13      
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
8 RP11-367E12 C 8q21.2~21.3(FHCRC)
chr8 74Mb AC022868.10   AQ528531.1 T7,
AQ528499.1 SP6
 
8 RP11-96G1 R 8q21.2b(NCI)
chr8 86Mb AC023390.7   AQ317599.1 T7,
AQ317596.1 SP6
 
8 RP11-118O8 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 92Mb AC068674.2 SHGC-12577 AQ347783.1 SP6,
AQ347785.1 T7
 
8 RP11-27I15 CR 8q21.3(FHCRC)
8q21.3d(NCI)
chr8 93Mb AC016232.4 SHGC-9208, SHGC-5171 B87098.1 T7,
B89423.1 SP6
 
8 RP11-327O12 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 84Mb AC015522.6      
8 RP11-3J21 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 93Mb AC023363.3 SHGC-9208 B63811.1 T7,
B63810.1 SP6,
B48810.1 SP6
 
8 RP11-480D6 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 89Mb AC021991.3,
AC090575.11
  AQ636197.1 T7,
AQ636195.1 SP6
 
8 RP11-80P18 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 88Mb AC087668.1*u   AQ319868.1 SP6,
AQ284219.1 T7
 
8 RP11-88J8 CR 8q21.3(FHCRC)
8q21.3c(NCI)
chr8 90Mb AC024026.3, AC087270.1*u,
AC102950.2*u
  AZ516270.1 T7,
AQ280969.1 T7,
AQ280968.1 SP6
 
8 RP11-89F14 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 92Mb AC084250.6   AQ285834.1 T7,
AQ285831.1*u SP6
 
8 RP11-90F1 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 85Mb AC083924.2   AQ283641.1 SP6,
AQ283653.1 T7
 
8 RP11-90O15 C 8q21.3(FHCRC)
chr8 86Mb AC083962.3   AQ285545.1 T7,
AQ285532.1*u SP6
 
8 RP11-90D11 C 8q21.3~22.1(FHCRC)
chr8 96Mb AC083836.6   AZ518402.1 T7,
AQ283609.1 T7,
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8 RP11-91G3 C 8q21.3~22(FHCRC)
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8 RP11-81B5 C 8q23.1(FHCRC)
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8 RP11-91K1 C 8q23(FHCRC)
chr8 110Mb AC083926.2*u   AQ281497.1 SP6,
AQ281500.1 T7
 
8 RP11-22P7 R 8q23.1d(NCI)
chr8 109Mb AC020991.4   AQ014311.1 ,
B84276.1 T7,
B84275.1 SP6
 
8 RP11-25D10 R 8q23.2a(NCI)
chr8 110Mb AC023245.5   B83177.1 T7,
AQ013603.1 ,
AQ013605.1 ,
AQ003398.1 SP6
 
8 RP11-89P19 C 8q23.3(FHCRC)
chr8 119Mb AC087845.4   AQ285664.1 T7,
AQ285663.1 SP6
 
8 RP11-88J18 C 8q23.3~24.1(FHCRC)
chr8 122Mb AC090034.2   AQ281007.1 T7,
AZ516287.1 T7,
AQ281004.1 SP6
 
8 RP11-3A12 R 8q23.3c(NCI)
chr8 113Mb AC007719.7   B48714.1 T7,
B48713.1 SP6
 
8 RP11-393K19 R 8q23.3e(NCI)
chr8 115Mb AC025881.6      
8 RP11-30P9 R 8q24.11a(NCI)
chr8 118Mb AC024329.9   B85274.1 T7,
B85273.1 SP6
 
8 RP11-110D15 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 125Mb AC011004.12,
AC091575.2
SHGC-20514 AQ318054.1 T7,
AQ350257.1 SP6
 
8 RP11-158K1 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 125Mb AC090198.7,
AF313041.4
SHGC-324, SHGC-20514    
8 RP11-44N11 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 123Mb AC016405.8 AFMA059WA9 AQ200010.1 ,
AQ200009.1
 
8 RP11-495D4 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 126Mb AC019218.3,
AC091562.5,
AF252829.4
AFM151YE3    
8 RP11-89K10 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 127Mb AC083923.5 SHGC-20519 AQ282945.1 T7,
AQ282934.1 SP6
 
8 RP11-89P9 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 125Mb AC133329.4   AQ285643.1 SP6,
AQ285644.1 T7
 
8 RP11-99I9 C 8q24.1(FHCRC)
chr8 120Mb AC016660.11,
AC099818.2
AFM156XC3 AQ321528.1 SP6,
AQ321539.1 T7
 
8 RP11-79E8 C 8q24.1~24.2(FHCRC)
chr8 130Mb AC084689.2   AQ581313.1 SP6,
AZ519156.1 SP6,
AQ282590.1 SP6,
AQ581329.1 T7,
AQ282593.1 T7
 
8 RP11-89L16 C 8q24.1~24.2(FHCRC)
chr8 129Mb AC087044.3   AQ286607.1 T7,
AQ286605.1*u SP6
 
8 RP11-534K13 R 8q24.12b(NCI)
chr8 121Mb AC020603.4, AC087751.1*u      
8 RP11-468O2 R 8q24.13a(NCI)
chr8 124Mb AC018992.6   AQ631716.1 T7  
8 RP11-122H7 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 138Mb AC079002.2*u SHGC-33759 AQ383841.1 SP6,
AQ343608.1 T7
 
8 RP11-17M8 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 137Mb AC013646.6 AFM175XB4 B81866.1 SP6,
B82798.1 T7
 
8 RP11-184M21 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 134Mb AC090798.2 SHGC-1948 AQ420472.1 SP6,
AQ420475.1 T7
 
8 RP11-21H16 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 135Mb AC084813.1 SHGC-1965 AQ008864.1 T7,
B85922.1 SP6
 
8 RP11-240B13 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 132Mb AC092817.2   AQ482531.1 T7,
AQ482528.1 SP6
 
8 RP11-316E19 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 134Mb AC079020.2   AQ506072.1 T7,
AQ506070.1 SP6
 
8 RP11-45B19 C 8q24.2(FHCRC)
chr8 135Mb AC015599.5 AFMA175XC1 AQ194540.1 ,
AQ194543.1
 
8 RP11-65D17 CR 8q24.2(FHCRC)
8q24.21a(NCI)
chr8 127Mb AC087667.4,
AF188028.3
AFM203XD10, SHGC-1929 AQ193999.1 ,
AQ237145.1 SP6
 
8 RP5-1111B24 S 8q24.22~24.3(SC)
chr8 146Mb AC087720.3      
8 RP11-71N3 R 8q24.22b(NCI)
chr8 133Mb AC011200.9,
AC090262.2, AC123780.2*u
  AQ237087.1 T7,
AQ268633.1 SP6
 
8 RP11-489O18 R 8q24.23b(NCI)
chr8 139Mb AC079015.8   AQ633886.1 T7,
AQ633884.1 SP6
 
8 RP11-374B17 R 8q24.23c(NCI)
chr8 139Mb AC068476.13      
8 RP11-642A1 C 8q24.3(FHCRC)
chr8 141Mb AC067931.16 AFMA119ZH1 AQ401176.1 SP6,
AQ409129.1 T7
 
8 RP11-953B20 R 8q24.3d(NCI)
chr8 142Mb AC104417.14   AQ700743.1 SP6,
AQ571424.1 T7
 
total165C:121 R:53 S:1165165 16542135 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag

  *d indicates sequences that disagree with placement on the genome.

  *u indicates seqeunces that didn't align to the genome or were not used for annotation because the clone was placed to multiple locations on the human genome.