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Platform GPL13454 Query DataSets for GPL13454
Status Public on Nov 14, 2011
Title Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array, Ensembl transcript probe sets [custom CDF: huex10stv2_58_37c_0112.cdf]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol see manufacturer's web site
 
Description Probe set data extracted from custom CDF:
huex10stv2_58_37c_0112.cdf
CDF contains probe set definitions for Ensembl transcripts (i.e. one probe set per transcript, probe sets with identical probe content were merged; annotation based on Ensembl version 58). Probe sequences were re-aligned to the human genomic DNA sequence (GRCh37) and subsequently annotated to Ensembl genes/transcripts/exons. Probes with multiple alignments, additional alignments allowing one missmatch or a C-G content higher 18 were discarded.
 
Contributor(s) Rainer J, Lelong J, Bindreither D
Submission date Apr 27, 2011
Last update date Nov 16, 2011
Contact name Johannes Rainer
E-mail(s) johannes.rainer@eurac.edu
Organization name Eurac Researc
Department Institute for Biomedicine
Lab Biomedical Informatics
Street address Via A. Volta 21
City Bolzano
ZIP/Postal code 39100
Country Italy
 
Samples (42) GSM718665, GSM718666, GSM718667, GSM718668, GSM718669, GSM718670 
Series (3)
GSE29003 Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models; transcriptional response in CCRF-CEM-C7H2 T-ALL cells.
GSE29049 Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models; transcriptional response in NALM6 precursor B-ALL cells.
GSE29063 Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models: mRNA and ChIP-chip profiling
Relations
Alternative to GPL5175 (Alternative CDF [official])

Data table header descriptions
ID probeset_id
transcript_id
gene_id
nr_probes
probes
transcript_biotype
symbol
entrezgene Entrez Gene Database UID
external_gene_id
SPOT_ID

Data table
ID transcript_id gene_id nr_probes probes transcript_biotype symbol entrezgene external_gene_id SPOT_ID
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Total number of rows: 119429

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