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Status
Public on Nov 14, 2011
Title
Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array, Ensembl transcript probe sets [custom CDF: huex10stv2_58_37c_0112.cdf]
Technology type
in situ oligonucleotide
Distribution
custom-commercial
Organism
Homo sapiens
Manufacturer
Affymetrix
Manufacture protocol
see manufacturer's web site
Description
Probe set data extracted from custom CDF: huex10stv2_58_37c_0112.cdf CDF contains probe set definitions for Ensembl transcripts (i.e. one probe set per transcript, probe sets with identical probe content were merged; annotation based on Ensembl version 58). Probe sequences were re-aligned to the human genomic DNA sequence (GRCh37) and subsequently annotated to Ensembl genes/transcripts/exons. Probes with multiple alignments, additional alignments allowing one missmatch or a C-G content higher 18 were discarded.
Contributor(s)
Rainer J , Lelong J , Bindreither D
Submission date
Apr 27, 2011
Last update date
Nov 16, 2011
Contact name
Johannes Rainer
E-mail(s)
johannes.rainer@eurac.edu
Organization name
Eurac Researc
Department
Institute for Biomedicine
Lab
Biomedical Informatics
Street address
Via A. Volta 21
City
Bolzano
ZIP/Postal code
39100
Country
Italy
Samples (42)
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GSM719758 ,
GSM719759 ,
GSM719760
Series (3)
GSE29003
Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models; transcriptional response in CCRF-CEM-C7H2 T-ALL cells.
GSE29049
Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models; transcriptional response in NALM6 precursor B-ALL cells.
GSE29063
Transcriptional glucocorticoid-response at the exon level and NR3C1 DNA-binding in childhood leukemia models: mRNA and ChIP-chip profiling
Relations
Alternative to
GPL5175 (Alternative CDF [official])
Data table header descriptions
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probeset_id
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symbol
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Entrez Gene Database UID
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Total number of rows: 119429 Table truncated, full table size 44847 Kbytes .
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GPL13454_huex10stv2_58_37c_0112.cdf.gz
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